但是与花剌子模的冲突和战争改变了蒙古的历史轨迹，由于在征服花剌子模的过程中成吉思汗意识到蒙古帝国在军事上不仅对金夏存在压倒性优势，也对中亚、西亚和欧洲存在压倒性优势，于是蒙古帝国将自己的目标定位成“世界征服者”。为了实现这一梦想，铁木真为帝国汗位的传承确定了一套复杂的二元体系，即“黄金家族继承制忽里勒台制”。
铁木真在统一蒙古诸部之后，曾经仅把报复金国作为目标，如果沿着征服金、夏和宋这一目标前进，很可能蒙古帝国会像后来的大元一样，成为一个以汉唐疆域为主体的帝国。但是与花剌子模的冲突和战争改变了蒙古的历史轨迹，由于在征服花剌子模的过程中成吉思汗意识到蒙古帝国在军事上不仅对金夏存在压倒性优势，也对中亚、西亚和欧洲存在压倒性优势，于是蒙古帝国将自己的目标定位成“世界征服者”。
为了实现这一梦想，铁木真为帝国汗位的传承确定了一套复杂的二元体系，即“黄金家族继承制 忽里勒台制”。“忽里勒台“的意思是会议、聚会，是蒙古部落时期既已存在的一种民主形式，与罗马帝国的元老院类似，用来决定、策划及分析军事行动，也用于确定领袖。铁木真虽然为蒙古的统一立下了不世之功，他本人仍然尊重传统，通过忽里勒台大会成为蒙古的领袖，其尊号“成吉思汗”也是大会给予的。
铁木真虽然本人在生前指定了三子窝阔台继承汗位，并且要求世世代代将汗位留在窝阔台一系，但他走后，诸子之间的汗位争夺将规则放宽，不再局限于窝阔台一系产生大汗，但只有黄金家族（可以近似的认为是铁木真的后裔）的人有资格继承汗位。
通过黄金家族继承制实现帝国交班的稳定性，通过忽里勒台制确保继承人能够得到大多数蒙古贵族的支持，这种二元方式原则上可以实现在黄金家族中选出更为出色的继承人，也可以避免汗位传承过于动荡。铁木真确立的这一套体系，是为了帮助日渐庞大的蒙古帝国始终团结在黄金家族身边，将征服世界的伟业一代代的传承下去。
实际上，在忽必烈之前，这套二元机制一直运行的不错。由于忽里勒台制的原因，历任蒙古帝国的大汗都非常重视继承者的军事能力，只有指定军功卓著的继承者，才能获得忽里勒台大会的拥戴。从窝阔台继承铁木真汗位开始，后任大汗贵由、蒙哥均是如此。成吉思汗发动了第一次西征，窝阔台发动了第二次西征，蒙哥汗发动了第三次西征，贵由汗虽然没有单独发动过西征，也在对金国和阿速国的战争中战绩卓著。
第三次西征的同时，蒙哥率军灭宋，却毙命于钓鱼城下，这无意间拯救了世界，结束了蒙古帝国作为一个整体对世界进行征服。蒙哥死后，忽必烈在中原自立为汗，打破了需要经过忽里勒台大会推举的传统。其弟阿里不哥在蒙古帝国首都哈拉和林，经忽里勒台大会上本土蒙古贵族与王公推举为汗。因此从法统上来说，阿里不哥才是蒙古帝国公认的继承者，忽必烈只是叛贼。
经过四年激烈的内战，虽然阿里不哥几乎获得了所有蒙古传统力量的支持，但是依然败于几乎只有汉地力量的忽必烈，阿里不哥被忽必烈击败，囚禁致死。忽必烈获胜之后，也召开了忽里勒台大会，想通过大会为自己正名，获得统治全蒙古的合法性。但是基本只有托雷系的贵族与王公参加，其合法性大打折扣。从忽必烈打断这一法统之前，蒙古四大汗国：钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国、伊利汗国（伊尔汗国）是蒙古帝国的属国，接受蒙古帝国的统治；但是忽必烈非法篡位之后不再能号令四大汗国，四大汗国与大元之间仅仅维持表面上的统一，事实上都成为了独立的帝国，蒙古帝国分崩离析了。
此后的蒙古帝国只存在于纸面上，再也没能像蒙哥以前，发动过统一部署的征服世界的军事行动。各大汗国虽然也有对外进行的军事扩张，但都是各行其是。在大多数蒙古贵族和王公的眼中，忽必烈权欲熏心，一手分裂了统一的蒙古帝国，是蒙古帝国的罪人，也是世界征服者事业的叛徒。这对蒙古帝国是不幸的，但是对蒙古屠刀下的世界各国却是一种幸运。
