即补充合同中与主合同相冲突的条款，补充协议的条款优先适用。
一、合同生效后能否加补充协议？
签订合同之后，发现内容还需补充的，经合同各方协商一致，可以拟定补充协议。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，若补充协议条款与原合同不一致或者发生冲突时，应当以补充协议为准;但若原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款变更则不发生法律效力。
补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
1、只要不违反法律的禁止性和限制性规定,且充分尊重当事人双方的意思自治，协议内容合法有效的话，补充协议与主合同的效力是同等的。
2、在补充协议与主合同发生冲突时，视为对主合同的变更或撤消，其效力优于主合同。即补充合同中与主合同相冲突的条款，补充协议的条款优先适用。
3、双方需要在补充协议中明确补充原合同的效力范围，明确补充主合同是在原来的范围之内生效还是有所变动、如何变动等。
4、补充协议是以主合同的成立和有效为前提的，如果欠缺主合同成立的必备条件和必要条款，或者主合同被确认无效或者被撤销，就没有签订补充协议的必要了。
二、补充协议的内容限定是什么
1、一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由，例如在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。
2、特殊情况下，建筑许可、建筑工程发包与承包、建筑工程监理需要在相关部门备案的合同,以及经过招投标的合同，其条款一般不能在补充协议中随便更改。但是，现实中由于合同双方在主合同签订后往往需要订立一些与原合同不一致(主要是工程价款方面)的补充协议，补充合同中的内容是具有相应效力的,也不能推翻原合同。
3、从理论上说，经过备案的以及经过招投标的合同，涉及合同实质性内容的变更签证，应再度进行备案。至于这种备案是否是强制性的，如何进行备案，目前法律上并无新增的管理规定，可以参考当地备案部门的相关要求来决定。
补充协议也是合同的一种，如果双方当事人之间在签订民事合同之后，认为该民事合同中的内容需要增加、变更或者是补充的，此时可以直接修改该民事合同，也可以在合同之外签订一份合同的补充协议，但无论何种方式，都必须经过双方当事人协商一致。
