科学家已经彻底证实包括人类在内的脊索动物都是由肉鳍鱼进化而来。化石证据表明动物脚趾数量在进化中逐渐减少。矛尾鱼体内终生保留了一条充满液体的脊索，而在其他脊椎动物中，脊索会骨化成为脊椎的一部分。肉鳍鱼肉鳍中的骨骼和四足类动物四肢骨骼的对比，相同颜色的骨骼具有相同的起源这些发现都更加佐证了四足脊索动物的祖先。
2016年6月3日，美国《Science Advances》杂志在线发表了中国科学院古脊椎动物与古人类研究所朱敏课题组卢静的研究成果，揭开了肉鳍鱼类早期演化阶段的层层谜团，更加清晰地展现了鱼类向人类的进程。
澳大利亚和加拿大的古生物学家发现了“希望螈”化石，揭示了鱼鳍向人类手部的演化过程。该研究发表在2020年3月18日的《自然》杂志。科学家已经彻底证实包括人类在内的脊索动物都是由肉鳍鱼进化而来。
根据古生物学家王原、叶剑等人的解释，从鱼到人历经4亿年的进化过程大概是这样：
生命是从海生命最先在海洋中发育，无脊椎动物的进化路程是原始单细胞动物→原始腔肠动物动物→原始扁形动物动物→原始线形动物动物→原始环节动物→原始软体动物动物→原始节肢动物动物→原始棘皮动物动物，然后在5亿年前的寒武纪晚期出现无颌类的原始鱼类。
在进化位置上应该比真正的鱼类还原始。它们没有下颌，摄食方法是将含有微小动物和沉积物的水吸入口中，多数生活在水里，因为身体像鱼形动物，被称为无颌鱼类，后来无颌鱼类出现，肉鳍鱼就是其中的一种。
而在三亿六千万年前，那个时候，大海里有很多可怕的食肉动物，肉鳍鱼类为了躲避天敌，慢慢地迁移进化到陆地上，成为了四足脊索动物的共同祖先，包括人类，我们其实也是一只“鱼”。
肉鳍的内骨骼非常重要，没有它们，鱼类就不能支撑自己的身体，也就难以上陆。它们是四足脊椎动物，四肢就是从它们的肉鳍进化而来，从上臂到前臂分为肱骨、桡、尺骨、腕骨、掌骨和指骨
四足动物（Tetrapod）的肺是由鱼鳔进化而来，而且结构非常复杂，适应了陆地环境，可以从空气中摄取氧气。化石证据表明动物脚趾数量在进化中逐渐减少。
我们今天所见到的“鱼”，基本都是辐鳍鱼类和软骨鱼类，而从海洋走上陆地的肉鳍“鱼”类，硕果仅存的现生物种几乎都是四足动物——也包括你和我所属的“智人”这个物种，其中只有8种还能称得上是鱼，除了6种肺鱼以外，另外两种就是西印度洋矛尾鱼和印尼矛尾鱼了。
矛尾鱼的鳍则包裹着清晰的“胳膊”一样的中轴骨骼，也更“有肉”。这些骨骼与四足类的四肢骨骼有着相同的起源，能够一一对应。矛尾鱼体内终生保留了一条充满液体的脊索，而在其他脊椎动物中，脊索会骨化成为脊椎的一部分。
肉鳍鱼肉鳍中的骨骼和四足类动物四肢骨骼的对比，相同颜色的骨骼具有相同的起源
这些发现都更加佐证了四足脊索动物的祖先。不过矛尾鱼也是现存的肉鳍鱼类中，最早与其他伙伴分道扬镳的一支，这也是为什么它们没有走上陆地，进化成脊索动物的原因，需要指出的是，矛尾鱼也是经历了亿万年演化走到今天的，并不会就是当年四足动物祖先的模样。
我们可以发现，脊椎动物的进化历程：原始鱼类→原始两栖类→原始爬行类→鸟类和哺乳类。这其实就是对陆地环境适应而出现的变化。（海纳螈是最早的两栖动物，刚由肉鳍鱼类演化而来，然后两栖类慢慢发展，最早的爬行类拉哥岩龙出现，最后出现似哺乳动物犬齿兽。）
之所以呈现这样的进化路径，是因为两栖类面前仍然不时提出这样一个问题：是前进还是后退？是继续发展陆生生活还是回到水生生活去？我们看到它们中间就有不同的选择。
一些两栖类选择适应了陆地生活，进化了肺，完全脱离了水，爬行类祖先开始出现，而一些则选择重回海洋，即使哺乳类已经诞生，这样的选择依然存在。但这些动物即使回到海洋也是用肺呼吸的，就算重返大海，也长不出鳃了。最特别的是海獭，还保留着跟陆生亲戚一致的身体结构，四肢并没变鳍。假如海獭是古生物的话我们都不一定能知道它是海洋生物
陆生脊椎动物这样的行为至少发生了多次，包括海龟、咸水鳄、海蛇、海牛/儒艮、鲸豚类、海豹/海狮/海象、海獭等。
在恐龙灭绝之后，哺乳类进行了一次残酷的优胜劣汰的抉择，胎生和哺乳成为了它们进化的方向，哺乳动物中的有袋类，卵生类都被迅速淘汰。
人类正是在这一次又一次的进化过程当中脱颖而出，进化出来了发达的大脑，并且消化系统、排泄系统、生殖系统互相分离，学会了劳动，懂得了思考。
从肉鳍鱼到两栖类再到爬行类然后到我们熟知的古猿，再到智人。人类通过4亿年的进化才拥有了智慧。
人类如今依然在进化之中，比如在石器时代，原始人必须要拥有庞大的体型才能获取到食物，公元前1.6万年（1.8万年前）属于旧石器时代晚期，东部地中海的男性平均身高（下图红线）是1.79米，从那时一直到公元前4000年，男性身高持续下降至1.61米。
这是因为到了6000年前农业社会的形成，以及农耕取代渔猎的生活方式，人类不再担心如何获取猎物，这造成了人类平均身高的下降。
而现代人类大脑已经进化出了对面部对称和高挑个头的偏好，这种偏好尽管没有愈演愈烈的趋势，但还是在起作用，那些好看的人，总能获得更多的交配机会和繁殖机会，相反那些不好看的人，获取资源和配偶的能力会下降，如此下去，人类的个子会变高，整体而言会更好看。
人类其实一直在发展进化。
