猪育种分析（全基因组关联及生物信息学分析在猪遗传育种方面新进展）

群体遗传结构结果显示，两广小花猪和海南地区地方猪种遗传结构存在一定差异。此外，5个华南地区地方猪群体有效群体大小呈迅速衰减趋势。

1 探索华南地区地方猪种遗传特性与选择信号

华南地区地方猪种具有耐粗饲、性成熟早、肉质鲜美等优点，由于近年外种猪的引进及饲养，对华南地区地方猪种的饲养造成了强烈的冲击。此外，华南地区地方猪种在驯化过程中，品种分化及选择的机制仍待探究。

华南农业大学动物科学学院李加琪教授团队探究了五个华南地区地方猪群体的遗传结构及选择方向的差异，并通过生物信息学分析揭示了候选基因的功能。研究结果以“Exploring the genetic features and signatures of selection in South China indigenous pigs”为题在Journal of Integrative Agriculture (《农业科学学报》(英文), JIA) 2021年5期正式发表。

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作者发现定安猪和屯昌猪存在群体混杂现象，5个华南地区地方猪群体按照采样地点聚类。群体遗传结构结果显示，两广小花猪和海南地区地方猪种遗传结构存在一定差异。此外，5个华南地区地方猪群体有效群体大小呈迅速衰减趋势。作者分别对5个华南地区地方猪群体及杜洛克猪群体进行了选择信号检测，结果显示，海南地区地方猪种的选择信号区域多与初情期启动日龄有关，而两广小花猪的选择信号区域多与肉质性状有关，杜洛克猪的选择信号区域多与生长率有关。

本研究不仅为研究华南本地猪的起源、历史种群规模和选择提供了新的见解，而且为今后华南地区地方猪种的利用提供了有用的信息。

博士研究生刁淑琪为本文的第一作者，张哲教授为本文通讯作者。徐志婷、叶绍潘等参与了论文研究。该研究得到了国家重点研发计划（2018YFD0501200）和农业部产业体系（CARS-35）等项目的共同资助。

2 进一步挖掘猪生长和脂肪性状遗传解析

猪的生长和脂肪性状直接影响养猪企业的经济效应，而全基因组关联分析能够帮助了解这些重要经济性状的遗传基础。尽管相关研究已经定位到一些与猪生长和脂肪性状相关的基因组区域和功能基因，但仍有大量相关信息需要进一步挖掘和验证。

华南农业大学动物科学学院李加琪教授团队通过全基因组关联分析对杜洛克猪达100 kg体重日龄、达100 kg体重背膘厚和达100 kg体重眼肌面积性状相关遗传标记进行定位，并挖掘了基因组区域和候选基因。相关结果以 “Identifying the complex genetic architecture of growth and fatness traits in a Duroc pig population”为题在在Journal of Integrative Agriculture (《农业科学学报》(英文), JIA) 2021年6期正式发表。

作者发现与达100 kg体重日龄性状相关的SNP位点12个，达100 kg体重背膘厚性状相关的SNP位点13个和达100 kg体重眼肌面积性状相关的SNP位点3个，共注释到13个候选功能基因。本研究所定位的性状相关的SNP与公共数据库中相关基因组区域重叠。另外，通过对性状相关SNP定位的候选功能基因进行富集分析发现，候选功能基因显著富集在酶的调节或抑制活性和代谢相关的生物学进程。研究结果更深入地揭示了杜洛克猪生长和脂肪性状的遗传结构，将为后续优良品种选育提供依据。

张哲教授为本文对第一作者，李加琪教授为本文通讯作者。陈子韬、刁淑琪等参与了论文相关研究。该项目得到了农业部产业体系（CARS-35）和国家自然科学基金（31772556）等项目的共同资助。

点击链接阅读全文：

1.http://www.chinaagrisci.com/Jwk_zgnykxen/fileup/PDF/JIA-2020-0004.pdf

2.http://www.chinaagrisci.com/Jwk_zgnykxen/fileup/PDF/JIA-2020-0095.pdf

Cite the article:

DIAO Shu-qi, XU Zhi-ting, YE Shao-pan, HUANG Shu-wen, TENG Jin-yan, YUAN Xiao-long, CHEN Zan-mou, ZHANG Hao, LI Jia-qi, ZHANG Zhe. 2021. Exploring the genetic features and signatures of selection in South China indigenous pigs. Journal of Integrative Agriculture, 20(5): 1359–1371.

ZHANG Zhe, CHEN Zi-tao, DIAO Shu-qi, YE Shao-pan, WANG Jia-ying, GAO Ning, YUAN Xiao-long, CHEN Zan-mou, ZHANG Hao, LI Jia-qi. 2021. Identifying the complex genetic architecture of growth and fatness traits in a Duroc pig population. Journal of Integrative Agriculture, 20(6): 1607–1614.

团队简介

李加琪教授课题组长期从事猪遗传特性挖掘、复杂性状遗传解析及基因组选择方法和应用研究。团队固定科研人员5人，在站博士后及在读研究生30余人，围绕猪育种方向，在数量遗传学、分子遗传学及统计基因组学领域开展学习及研究工作。